Das Lutherische Einigungswerk geht zurück auf die Einigungsbemühungen der deutschen lutherischen Kirchen im 19. Jahrhundert, vor allem nach Einführung der Union von lutherischen und reformierten Kirchen in Preußen und anderen Staaten, die in manchen Gebieten mit Gewalt durchgesetzt wurde (z. B. in Schlesien).
Nach dem Krieg von 1866 bestand die Angst, dass in den von Preußen annektierten Gebiete (Hannover, Schleswig-Holstein) die lutherischen Kirchen auch in die Kirchenunion überführt werden sollten. Auch wenn dies nicht geschah, so gründete man 1868 die Allgemeine Evangelisch-Lutherische Konferenz, der Vertreter der lutherischen Landeskirchen, Freikirchen und von Lutheranern in den Unionskirchen angehörten, darunter zumeist die leitenden Geistlichen. Diese Konferenz wurde seit 1927 auch Lutherisches Einigungswerk genannt. Dieser Name blieb erhalten. Aus der Arbeit dieses Werkes ging einmal der Lutherische Weltkonvent (1923) hervor, der im Lutherischen Weltbund (1947) seine Fortsetzung fand. Ebenso ging aus dem Werk der Rat der Evangelisch-Lutherischen Kirchen Deutschlands (1936) bzw. die Vereinigte Evangelisch-Lutherische Kirche Deutschlands (1948) hervor.
Obwohl beide – Weltbund wie Vereinigte Kirche – „Kinder“ des Lutherischen Einigungswerkes sind, war und ist die Einigung der deutschen Lutheraner nicht abgeschlossen. Durch die Kirchenunionen im 19. Jahrhundert bildeten sich lutherische Freikirchen, vor allem in den Gebieten unierter Landeskirchen, aber auch in Gebieten lutherischer Landeskirchen, weil diese manchen nicht als bekenntnistreu erschienen. Nach Bildung der Evangelischen Kirche in Deutschland unter Einbeziehung der lutherischen Landeskirchen hoben die Freikirchen die Abendmahlsgemeinschaft mit ihnen auf. Auch heute noch gibt es lutherische Christen sowohl in den Landeskirchen als auch in den Freikirchen und in den Unionskirchen. Das Lutherische Einigungswerk will ein Sammelbecken für sie alle sein und das theologische Gespräch zwischen ihnen in Gang halten. Es ist seit 1949 Werk der Vereinigten Evangelisch-Lutherischen Kirche Deutschlands.
Nach der Teilung Deutschlands gab es das Werk zunächst auch in beiden Teilen, doch in den Kirchen der DDR blieb es erhalten, hatte es doch seinen Sitz immer in Leipzig. Dem vom Bund der Evangelischen Kirchen in der DDR geäußerten Wunsch, das Werk solle sich als ein Arbeitskreis seiner Theologischen Studienabteilung anschließen, widerstand es. Durch die Vereinigung der deutschen Landeskirchen 1991 kam es zu einer Wiederbelebung des Werkes für ganz Deutschland. 1997 wurde das Werk von der nunmehr gesamtdeutschen Vereinigten Evangelisch-Lutherischen Kirche als Werk anerkannt. Ihm gehören Einzelpersonen ebenso an wie auch andere kirchliche Werke, Konvente usw., sofern sie die Grundlage der Arbeit des Werkes, wie sie die Satzung vom 12. März 1999 beschreibt, anerkennen.