Geführt wird das Werk durch den Geschäftsführenden Ausschuss, der in regelmäßigen Abständen von der Mitgliederversammlung gewählt wird. Er ist für alle Angelegenheiten des Lutherischen Einigungswerks zuständig. Derzeit besteht er aus:
- Pfr. Falk Klemm (Vorsitzender)
- Prof. Dr. Karl-Hermann Kandler (stellvertretender Vorsitzender)
- Pfr. Burmeister
- Pfr. Dr. Armin Wenz
Dem Ausschuss zugeordnet als Schatzmeister ist derzeit Johannes Schmoldt